Lăpuşneanu pierde coroana în favoarea lui Iacob Heraclid (1561-1563), venit cu ajutor polonez. Recunoscătorul aventurier recompensează pe sprijinitori dând zălog cetatea Hotinului. Îşi va plăti îndrăzneala sub buzduganul lui Ştefan Tomşa (1563-1564) care, şi el, îşi va pierde capul şi tezaurul la Liov, împreună cu boierii Moţoc şi Spancioc. Lăpuşneanu, revenit în a doua domnie (1564-1568) cu ajutor turcesc, redobândeşte Hotinul. Negustoriile sale nu puteau funcţiona fără vama de sub cetate. El trimitea peste graniţă boi, piei de cornute, porci, vase cu vin. Cetatea rămâne la dispoziţia familiei Lăpuşneanu şi după moartea acestuia. Fiul şi urmaşul său, Bogdan Lăpuşneanu (1568-1572), obişnuia să stea mai mult la Hotin. Mazilit la începutul lui ianuarie 1572, probabil între 7 şi 16 ale lunii, reuşeşte să stăpânească cetatea cu ajutor polonez încă o bucată de vreme, chiar sub domnia lui Ion vodă (1572-1574). Cronicarul polonez Strykowski face o interesantă descriere a cetăţii la acea dată: [ ] era o cetate frumoasă şi puternică, aşezată pe o stâncă şi având înfăţişarea cetăţii Kockenhausen din Livlanda. Bogdan Lăpuşneanu încă mai semnează la 15 aprilie, în cetatea Hotinului, un act în care se intitula domn al Moldovei şi încredinţa cetatea unei garnizoane poloneze, comandată de Martin Dobrosolovski, pentru trei luni, după care, dacă nu va primi ajutor, este liber să predea cetatea moldovenilor. O lungă perioadă de timp, Bogdan bate pe la multe uşi crăieşti pentru a-şi redobândi coroana, constituind, pe toată durata domniei lui Ion vodă, o permanentă ameninţare. Îl găsim în Cehia intrând în legătură cu habsburgii şi fiind dispus chiar să ofere Suceava, Hotinul
şi Soroca pentru căpăta tronul. După moartea regelui polon Sigismund al II lea, dieta avea nevoie de linişte la hotare pentru perioada alegerii noului rege, astfel Dobrosolovski primi poruncă să predea cetatea moldovenilor. În luna iulie 1572, Ion vodă era în cetatea Hotinului, de unde trimitea solie cu scrisori în Polonia pentru nominalizarea relaţiilor. Între timp, din convoiul cu marfă de la Istambul, care trece prin vama Hotinului, pentru regele Poloniei, Ion vodă sechestrează cinci pe care le sigilează, cerând în schimb tezaurul lui Ştefan Tomşa. Dieta refuză şi conflictul rămâne deschis. La începutul domniei lui Ion vodă cetatea este cârmuită de Cozma Murgul şi Ioan Caraghiuzel. Atitudinea lui Ion vodă faţă de boierii şi clerul din ţară, intrigile lui Alexandru al II lea al Munteniei pe lângă Poartă, pentru a-l înscăuna pe fratele său, Petru Şchiopu, pe tronul Moldovei, grăbesc conflictul cu turcii. Din avangarda trădătorilor de la Roşcani a făcut parte chiar fostul pârcălab de Hotin Cozma Murgul şi pârcălabul de atunci Ieremia Golăi. Pe timpul războiului cu turcii din vara anului 1574, cetatea este apărată de Lupe Huru, socrul domnului; acolo se afla adăpostită şi Marica, fiica lui Huru şi soţia lui Ion vodă, împreună cu câteva familii de boieri şi averile lor. După epopeea de la Roşcani, pârcălabul Lupe Huru şi Marica, soţia voievodului, trec Nistrul cu cele douăzeci şi şapte care cu averi, dincolo, în Polonia. Voievodul Galiţiei Iasloviecki le trimite în întâmpinare două sute de oşteni care le preiau averile şi le depun într-un depozit, până ce regele va hotărî soarta lor. (Haralambie HOLIC)
